正济药业旗下拥有南京、苏州两个研发中心，总面积8600㎡，拥有完善的研发体系和一支追求卓越的创新研发团队，汇聚具有全球竞争力的顶尖药学人才。创新药物、高端仿制药领域在研项目60余项，平均每年滚动研发项目20余个。

公司拥有新药合成研究室、工艺开发研究室、药物分析研究室、药物制剂研究室等，配有 LC-MS、HPLC、HPIC、GC、NMR 等齐全检测设备，建立了多手性药物合成技术平台、分离纯化技术平台、晶型研究技术平台、工程放大技术平台及缓控释制剂技术平台等一系列核心技术平台，贯通了从“起始物料→高级中间体→特色原料药→制剂”的全产业链，荣获江苏省工程技术研究中心、江苏省企业技术中心、江苏省高新技术企业、江苏省专精特新企业、南京市企业技术中心等十几个称号，是国家小品种药（短缺药）供应保障联合体会员单位。

公司坚持产学研联合的发展路径，积极开展创新药物研发、高端仿制药研发、客户定制、项目开发以及商业化生产。公司已先后承担多项国家和省市科技计划项目，并积极加强与外界科研力量的合作，与清华大学、中国科学技术大学、南京大学、中国药科大学、南京工业大学、温州医科大学等高校建立了深入的合作关系，丰富了公司的研发途径，加强了公司的可持续研发能力。